Ook geldboeten welke worden opgelegd door een instelling van de Europese Unie zijn niet aftrekbaar van de fiscale winst. Hiervoor geldt eenzelfde argumentatie, welke gebezigd wordt bij het niet aftrekbaar maken van boetes welke zijn opgelegd door de Nederlandse strafrechter, zie ook punt 1.

Dat betekent dat deze boetes primair gericht zijn op het bestraffen van onrechtmatig handelen. Zij hebben dus een leed toevoegend karakter.

Echter een boete kan vaak ook bestraffend én voordeel ontnemend zijn. Dit is het geval indien de boete hoger wordt naarmate de ondernemer met de overtreding meer voordeel heeft behaald. Gesteld zou dan kunnen worden dat de boete met een voordeel ontnemend karakter voor dat gedeelte in aftrek op de fiscale winst kan worden gebracht. Ook hier dient dan weer gesplitst te worden en door middel van een pro-rata berekening inzichtelijk gemaakt te worden, welk gedeelte van de boete een bestraffend karakter heeft en niet aftrekbaar is en welk gedeelte van de boete een voordeel ontnemend karakter heeft en derhalve wel aftrekbaar is van de fiscale winst.